Il coniglio è un animale molto pulito e non necessita di cure particolari. Può essere utile spazzolare il mantello (soprattutto durante la muta, quando vi è un abbondante ricambio della pelliccia) per asportare il pelo morto. Questa operazione è particolarmente importante nelle razze a pelo lungo, e va condotta quotidianamente per evitare che il pelo si infeltrisca e formi dei nodi. I nodi vanno eventualmente tagliati via, perché se vengono ingoiati dal coniglio durante la pulizia possono causare pericolosissime ostruzioni intestinali.
Anche se raramente se e presenta la necessità, il coniglio può essere lavato, con l'accortezza di non fargli prendere freddo. La possibilità che accetti un bagno dipende dal carattere individuale: alcuni si lasciano lavare senza difficoltà, soprattutto se sono abituati da piccoli, per altri rappresenta un evento traumatico al quale reagiscono molto male. In quest'ultimo caso è meglio non insistere, tanto più se si tratta di un coniglio che ha problemi di salute o difficoltà respiratoria: lo stress può anche causare un arresto cardiaco.
Per il bagno si può utilizzare uno shampoo delicato per bambini oppure un prodotto dermatologico specifico per gatti. Lo shampoo deve essere accuratamente risciacquato, dopo di che si deve asciugare con cura il coniglio, prima frizionando con degli asciugamani e poi utilizzando l'asciugacapelli regolato al minimo. Durante la stagione calda può anche essere messo ad asciugare all'aperto.
Può capitare che, per vari motivi, il coniglio abbia la zona intorno all'ano sporca. In tal caso lo si può lavare sostenendo il posteriore e mettendo la parte sporca sotto il rubinetto, facendo scorrere dell'acqua tiepida. Mentre una persona sostiene il coniglio, l'altra lava delicatamente sotto l'acqua corrente.
In genere i conigli che vivono in casa senza la possibilità di scavare hanno problemi di eccessiva crescita delle unghie, che devono essere periodicamente tagliate per evitare che si spezzino o crescano in direzioni anomale; l'operazione viene condotta utilizzando un piccolo tronchese per le unghie dei gatti, reperibile nei negozi per animali. Nei conigli con le unghie non pigmentate si vede chiaramente la parte irrorata, di colore rosa, alla base dell'unghia, che non deve essere tagliata; nelle unghie colorate questa si distingue meno bene, per cui le prime volte fatevi mostrare dal veterinario o da una persona esperta fino a che punto si può tagliare senza danno. Se per errore l'unghia viene accorciata troppo e sanguina, è sufficiente tenere premuta la parte alcuni minuti, finchè il sangue non coagula.
Unghia di coniglio: alla base si nota la parte irrorata,
che è rosa.
Un'unghia di questa lunghezza non ha bisogno di essere accorciata.
La sterilizzazione consiste in un intervento chirurgico che rende l'animale
incapace di riprodursi; a questo scopo nel maschio si asportano i testicoli
e nella femmina l'utero e le ovaie.
Con la sterilizzazione inoltre cessa l'effetto degli ormoni sessuali sul cervello,
in modo che viene eliminata la loro influenza sul comportamento.
I conigli sterilizzati tendono a sporcare meno fuori dalla cassetta, perché
sentono meno lo stimolo a marcare il territorio con l'urina e le feci. I maschi
smettono di montare i piedi o le mani del proprietario, e le femmine non vanno
incontro alla pseudogravidanza. In generale, i conigli sterilizzati, sia maschi
che femmine, sono più socievoli e docili, meno frustrati ed aggressivi.
Nella coniglia, la sterilizzazione presenta il vantaggio di prevenire le malattie
dell'utero, in particolare i tumori, che possono essere frequenti sopra i
cinque anni di età.